El jaguar es el mayor felino de América. Es un animal robusto y musculoso que presenta variaciones significativas en cuanto al tamaño, con un peso que oscila normalmente entre 56 y 96 kilogramos, aunque hay registros de machos más grandes, de hasta 158 kg (aproximadamente como una tigresa o una leona),y por el contrario los más pequeños pueden tener un peso tan bajo como 36 kg. Las hembras suelen ser un 10-20% más pequeñas que los machos. La longitud de este félido varía entre 162 y 183 cm y la cola puede añadir unos 75 cm más. Su altura hasta los hombros es de unos 67-76 cm. Su cabeza es voluminosa y con una mandíbula prominente; el color de sus ojos varía de un tono amarillo oro a un amarillo verdoso y sus orejas son relativamente pequeñas y redondeadas.
Se han observado variaciones en su tamaño en diferentes regiones y hábitats, mostrando un incremento de tamaño cuanto más al sur se localicen. Un estudio realizado en la Reserva de la Biosfera de Chamela-Cuixmala, en la costa mexicana del Pacífico, mostró que en esa zona pesaban tan sólo entre 30–50 kg, aproximadamente el peso del puma, mientras que un estudio en la región brasileña del Pantanal mostraba un peso medio de 100 kg, a menudo con pesos de 135 kg o más en machos viejos. Los jaguares de bosque a menudo son más oscuros y bastante más pequeños que los que viven en áreas abiertas (el Pantanal es una cuenca de zonas húmedas abierta), posiblemente debido al menor número de grandes presas herbívoras en las zonas boscosas.
La estructura corta y robusta de sus miembros hace que sea muy hábil a la hora de escalar, arrastrarse y nadar. La cabeza es robusta y la mandíbula extremamente potente; se ha sugerido que el jaguar tiene el mordisco más potente de todos los félidos y el segundo más potente de todos los mamíferos; esta potencia es una adaptación que le permite incluso perforar caparazones de tortuga. Un estudio comparativo de la potencia de mordisco ajustado según la medida corporal lo situó como el primero de los félidos, junto con la pantera nebulosa, y por delante del león y el tigre.
El melanismo es el resultado de un alelo dominante y un fenómeno relativamente habitual en los jaguares.Un jaguar puede arrastrar 8 metros un toro de 360 kilogramos entre sus mandíbulas y pulverizar los huesos más duros, o arrastrar a una tortuga de mar de 34 kg a lo largo de más de 90 m en la profundidad de un bosque. Puede cazar animales salvajes que pesan hasta 300 kg en el interior de una selva densa y su físico corto y robusto es una adaptación a sus presas y ambiente.
La base de su pelaje suele ser de un color entre amarillo pálido y castaño rojizo. La piel está cubierta de unas manchas en forma de rosa para camuflarse en su hábitat selvático. Las manchas pueden variar en la piel de un mismo animal y entre diferentes jaguares: las rosetas pueden incluir una o más manchas y la forma de las manchas varía. Las de la cabeza y el cuello son generalmente sólidas, igual que las de la cola, donde se pueden unir para formar una banda. La región ventral, el cuello y la superficie exterior de las patas y los flancos inferiores son blancos.
En la especie se produce en ocasiones un exceso de pigmentación conocido como melanismo. La condición melanística es menos común que la manchada (se da en aproximadamente un 6% de la población) y es el resultado de un alelo dominante. Los ejemplares con melanismo parecen totalmente negros, aunque se pueden apreciar las manchas si se los mira de cerca. Los jaguares con melanismo son conocidos informalmente como «panteras negras», pero no constituyen una especie distinta. Igual que en los demás grandes félidos, en raras ocasiones aparecen individuos albinos, denominados «panteras blancas».
Aunque es muy semejante físicamente al leopardo (Panthera pardus), el jaguar es más robusto y pesado y se pueden distinguir por sus manchas: las rosetas en la piel del jaguar son más grandes, menores en número, suelen ser más oscuras y tienen líneas más gruesas y manchas pequeñas en el centro que el leopardo no tiene. También tiene una cabeza más redondeada y unas patas más cortas y robustas que el leopardo. Rescatan a un centenar de pingüinos en las costas uruguayas
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